本部於全國18縣市均設有縣市指揮部，連江及金門設有服務中心，平時負責各縣市三軍後備部隊管理、編組、召集訓練、國軍人才招募工作及執行後備軍人動員、管理、服務工作、留守業務與災害防救等任務，擔任民眾與國軍、國軍與地方政府之橋梁。戰時編組後備部隊，協力作戰，並持續執行軍事動員作業，運用全民防衛動員機制，結合後備戰力，維護國防安全。

位於新北市淡水區漁人碼頭旁，為後備指揮部教育單位，平時培育國軍後備動員管理幹部與執行後備軍人輔導幹部培訓工作，為動員專長訓練單位。戰時編成後管旅，執行各項動員戰備整備及教育召集訓練任務並依令實施淡水聯防分區，緊急災害（難）防救任務。

北部位於苗栗斗煥坪及淡水忠莊營區、中部位於臺中成功嶺營區、南部位於屏東新開營區，負責執行北、中、南部地區後備旅、山地連教育召集訓練及戰備整備任務。

忠烈祠管理組(台北大直)及桃園管理組(桃園大溪)，為國軍少數具觀光性質之開放營區，亦為中外馳名之國際觀光景點，平時執行重要外賓團體、遊客導覽管制、遺族祭祀引導、園區設施維護、植栽養護及重要文物管理等工作；另國軍示範公墓管理組(新北市汐止五指山)為唯一一個葬厝服務單位，平時負責國軍示範公墓及忠靈殿之管理、維護、安葬 (厝) 事宜、環境維護等事宜，並執行國軍春、秋祭典事宜。